重庆保税港区具有“水港＋空港＋铁路”的综合比较优势。
水港就是寸滩港。寸滩港是长江上游地区最重要的枢纽港口。在三峡成库175水位到达之后，从上海万吨级船队都可以直接到达重庆寸滩港。这个寸滩港将辐射重庆周边地区，特别是西南地区包括四川、湖南、贵州、云南等其他省市。
重庆要发挥保税港区的作用未来就是把水港区规划成为以水运集装箱为主要内容的保税物流和出口加工。它的功能不仅仅是局限于重庆，建成之后重庆要把水港功能区作为西南地区出口货物的周转站，将成为重庆对外开放，把重庆建设成为内陆开放高地的桥头堡。尽管从距离上看我们重庆比上海远一些，但是从国家的总体战略布局来说这个是它的优越性。
空港就是江北国际机场，它是全国吞吐量十大机场之一，也是国家民航总局、国家发改委规划的八大枢纽机场。重庆机场在十来年之内将成为旅客吞吐量达到4000—5000万左右大规模的机场，作为保税港区功能区构成之一将发展以高新技术为主体的保税物流和加工贸易区。高新技术主要是IT、生命工程、生物技术等等，这些技术对运输的成本弹性比较小，但是对运输的时间要求较高，所以未来要把空港达成成西南地区的航空运输的枢纽和保税物流基地。
现在国务院批的是水港、空港两者。从长远看，根据市委、市政府的长远规划，以后铁路集装箱运输将纳入保税港区的功能范围。通过兰新铁路、兰渝铁路，重庆的的货物就可通过阿拉山口，直达欧亚大陆。
通过把“水港＋空港＋铁路”的组成纵横交叉的运输网络，真正把保税港区作为一个枢纽，把整个重庆在西部地区编织成交通大网络、大动脉，在这个基础上再把重庆建设成为西南地区乃至西部地区的物流中心、运输中心。从这个角度看，寸滩保税港区可以说是把重庆建设成为长江上游地区经济中心、把重庆打造成内陆开放高地的桥头堡的现行区。
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